甜瓜果肉颜色由叶绿素和类胡萝卜素共同决定，其中类胡萝卜素，特别是β-胡萝卜素是决定甜瓜橘色果肉的关键色素。β-胡萝卜素广泛存在于新鲜蔬菜和水果中，是人体必不可少的营养元素之一。适量摄入β-胡萝卜素可以缓解由维生素A缺乏引起的多种病症，并具有预防癌症、心脑血管疾病和眼部疾病的功效，还有抗氧化和预防衰老的作用。因此培育合适果肉颜色的甜瓜品种，特别是橘色果肉的甜瓜品种，是当前甜瓜遗传育种的重要目标之一。
本研究根据橘肉和绿肉CmOr基因的基因组序列比对，发现橘肉CmOr基因及绿肉CmOr基因下游附近存在插入\缺失位点，片段大小为72bp。插入/缺失位点的发现为CmOr基因 InDel分子标记的开发提供了序列参考信息。利用这个插入 / 缺失突变，成功开发了共显性的 InDel分子标记，并与果肉颜色主效基因 /QTL 共分离。此InDel 标记通过琼脂糖凝胶电泳即能清晰地分析出条带差异，并且此标记设计为共显性，能够清晰地区分纯合子和杂合子，在甜瓜苗期即可鉴定植株的基因型，既省时省力，又提高了准确性。将大大加快甜瓜果肉颜色育种进程。
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