1. 模型中基因组信息提取、整合及GPR关系构建
结合亲水链霉菌、天蓝链霉菌的基因组注释信息，构建基因、蛋白、反应、代谢物列表。并结合文献中的子囊霉素合成文献信息及子囊霉素相关代谢反应信息，初步构建子囊霉素生物合成的代谢网络模型。
2. 代谢网络模型GPR关系的修正、补充和精炼
1）一般反应、孤立反应、同分异构体反应及总-分反应的处理；
2）反应方向的判定；
3）末端代谢物的检测(净合成或净消耗)；
4）生物量组成的确定(糖类、脂类、蛋白质、细胞壁、胞内可溶性小分子等)
3. 代谢网络模型的转换、检测和GAP分析及调试
1）模型转换 利用VBA语言将Excel表格中储存的模型数据转化为SBML文件，便于COBRA工具箱识别
2） 模型检测 各反应电荷平衡分析、各反应元素平衡分析
3）GAP分析及模型调试 查找末端代谢物，分析GAP，并添加或产出相关反应；模拟菌体生长和产物合成，并进行调试修正
4. 模型构建下一步计划
1）在不同培养条件下对原始菌模型进行模拟检测，提高模型的可靠性，提升后续模拟精度；
2）结合组学实验所预测关键酶结果，不断修正模型参数，提高模型可靠性和精度，最终使模拟与实验匹配；
3）在拟稳态模拟基础上，进行动态代谢网络模拟，进一步提高模型精度，并进行关键酶靶点再次预测。 |