1. Ems vs. OptKnock vs. OptFlux （基元模式分析， OptKnock 以及 Optflux 的比较和分析）
基元模式分析是指一种代谢途径分析方法，是一种非基因组尺度的代谢模型。利用基元模式分析的一般步骤是：第一，建立整个代谢途径中的所有反应（包括可逆和不可逆反应）；第二，确定一个底物和一个产物，并且通过对某些反应的限定（如敲除一个反应，就令这个反应的通量为零）减少基元模式的数量。第三，还可以通过限定某个反应的通量（对应于代谢过程中的过表达过程）分析这一反应通量变化对其他反应通量的影响。
OptKnock 是一种模拟算法，它是基因组尺度的代谢模型。在已经建立好的代谢模型的基础上， OptKnock 通过最优化方法对于一个到两个目标函数进行分析，是目标函数得到最优解。
OptFlux 是一种综合的代谢分析软件，它可以进行代谢通量分析，通量平衡分析以及代谢途径分析。该分析软件同时包括了以上的 OptKnock 这种分析方法，而且它可以与 CellDesigner 软件配合进行代谢图输出。 |